通常的正确用法和用量是：小儿1岁每次服1丸，2岁每次服2丸，3岁每次服3--4丸，4--8岁每次服5--6丸，9--15岁每次服8丸，成人每次服10丸。以上均为每日2次，重症可3次。治口腔及咽喉疾病均应在口中含化后再温开水送下。外用时，取药10丸，用温开水或少许米醋溶成糊状涂搽患处，每日数次。

    六神丸中所含中药，多为芳香宣散、走窜攻下之物，应用时需辨明症候属性，因证施治才能发挥其疗效。若外邪束肺郁而发热，或肝肾阴亏、虚火上炎，或肝气郁结之咽喉疼症，不宜用本药。若遇气血虚衰、脾胃不足之体质即使患热毒之症，亦不宜用本药。

    六神丸的用量，是经过反复试验分析确定的，量多量少不可随意变更。六神丸中明雄黄是有毒的砷化物，长期或大量使用会发生慢性砷中毒，致肝、肾损害，皮肤严重角化、皲裂、色素沉着。此外，还能抑制酶的活性，若与酶制剂、亚铁盐、亚硝.酸盐等西药同服，可发生化学反应，降低疗效，增加对身体的损害。

    六神丸中的蟾酥是癞蛤蟆（蟾蜍）的毒液，服用过量可引起中毒。中毒轻者，胸闷、心悸、恶心、呕吐、腹痛、腹泻、头痛、头晕、口唇及四肢麻木，重者则可致惊厥、呼吸浅慢、口唇青紫、四肢冰冷、血压和体温下降，甚至脱水、休克而危及生命。蟾酥还有局部麻醉的作用，如果在口中含化时间过久，有导致软腭局部神经损害之可能。故切忌用量过大、含化时间过长。

    六神丸与洋地黄制剂，在致毒方面有协同作用，服用洋地黄制剂的患者，需慎用六神丸，以防洋地黄中毒。六神丸会产生过敏反应，严重的过敏反应可出现休克，喉头水肿，如不及时抢救可危及生命。婴幼儿服用过量，皮肤会出现风团红斑，甚至惊厥、肢体抽搐、口吐白沫、口唇青紫、呼吸急促等中毒症状。

    难怪《本草经疏》告诫人们，服六神丸时谨记“若欲内服，勿过三厘”（150毫克）。可见，服用六神丸在剂量多少方面是不可大意的。另外，有人用六神丸来预防小孩热疖、痱子和感冒发热，这是无根据的，不可盲从。