2011年8月3日，美国食品药品管理局（FDA）向公众发布通告称，妊娠早期长期大剂量服用抗真菌药氟康唑（400-800mg/天）可能与一些罕见、显著的婴儿出生缺陷的发生有关。但用于治疗阴道霉菌感染（念珠菌病）的低剂量氟康唑（150mg）单次服用并不存在这一风险。

子宫内长期暴露于大剂量氟康唑后出生的婴儿特征包括：短头、宽头、面容异常、颅盖发育异常、唇裂/腭裂、弓形股骨、肋骨及长骨细薄、肌无力、关节畸形以及先天性心脏病。

氟康唑用于阴道、口腔、咽喉、食道等器官的酵母菌感染和某些特定种类真菌引起的脑膜炎的治疗，以及对骨髓移植前由于接受化学疗法或放射疗法而可能发生感染的患者的酵母菌感染的预防。

FDA这一警示信息是基于几篇已发表的、关于在妊娠早期为治疗真菌感染而长期大量服用氟康唑（400-800mg/天）的母亲出生的新生儿发生罕见的、显著的先天异常的病例报告医学文献。其中4篇报告是关于母亲为治疗球孢子菌性脑膜炎而长期大量静脉内注射氟康唑病例，另外一篇则是关于一位人类免疫缺陷病毒（HIV）阳性的母亲为治疗阴道念珠菌病而长期大量口服氟康唑病例的报告。与大剂量氟康唑使用相关的病例均具有称为Antley Bixler症候群的常染色体性隐性遗传病的特征，这些先天异常在一般人群中较为罕见，并与动物子宫内暴露氟康唑后产生的异常相似。

妊娠早期长期大剂量使用氟康唑的人体致畸风险的程度尚不清楚。上述5篇病例报告中大剂量长期自宫内暴露氟康唑后发生了显著的、罕见的出生缺陷显示了氟康唑引起胎儿异常可能是药物阈值效应。

但是，医学文献中的数据并未显示妊娠早期低剂量口服氟康唑与先天异常相关。少数几项已发表的流行病学研究也未显示低剂量（多数患者仅口服150mg一次）子宫内暴露氟康唑婴幼儿产生异常。然而，大多数的研究规模太小，以至于无法从总体上精确检出主要出生缺陷发生增加的风险。此外，这些研究中也没有一个研究规模足够大而能精确检测出罕见的或特定的出生缺陷或症候群的风险增加。